La anexión del partido de Nicoya enriqueció significativamente la biodiversidad de Costa Rica. Guanacaste, con sus bosques secos, manglares, playas y montañas, alberga una variedad única de flora y fauna.
Entre la flora destacada se encuentra el majestuoso árbol de Guanacaste, que es nada más y nada menos que símbolo nacional de Costa Rica. Este árbol, junto con el pochote y el roble de sabana, son vitales para el equilibrio ecológico y tienen un profundo valor cultural.